– Wysokie koszty uprawy związane z wysokimi cenami nasion.

– Trudności z przewidywaniem wielkości zbiorów, ponieważ wbrew prognozom nasiona bawełny BT mogą dawać niższe plony.

– Problemy prawne plantatorów związane z zapylaniem się bawełny BT z innymi roślinami.

– Problem z nadprodukcją bawełny.